Pada 1 Oktober 1965 dini hari, satu peleton resimen Cakrabirawa yang dipimpin Serma Surono, berkumpul di Lubang Buaya, Jakarta Timur, untuk menculik Brigjen Sutoyo Siswomiharjo. Pasukan ini kemudian berangkat pada pukul 03.15 WIB dengan mengendarai satu truk Toyota No 645 yang dikemudikan oleh Kopda Ganti.
Pada pukul 04.00 WIB rombongan penculik sampai di rumah Brigjen Sutoyo di Jalan Sumenep No 17, Menteng, Jakarta Pusat. Mereka masuk rumah melalui garasi sebelah kanan. Dengan todongan senjata, mereka memaksa pembantu rumah tangga untuk menyerahkan kunci pintu lalu menuju kamar tengah. Setelah membuka pintu, para penculik menerobos masuk.
Sesampainya di dalam, Serma Surono dkk mengaku Sutoyo dipanggil oleh Presiden Soekarno. Namun nyatanya, Sutoyo dibawa ke Lubang Buaya. Di sana, Sutoyo kemudian dibunuh dan jenazahnya dimasukkan ke dalam sumur tua.
Mengutip Ensiklopedia Sejarah Indonesia, Senin (30/9/2024), Sutoyo lahir di Kebumen Jawa Tengah pada 28 Agustus 1922. Sutoyo mengenyam Pendidikan di Hollandsch-Inlandsche School (HIS) dan menamatkan Pendidikan di Algemene Middelbare School (AMS) Semarang pada tahun 1942, bertepatan dengan kedatangan pasukan Jepang di Indonesia.
Pada masa pendudukan Jepang, Sutoyo bekerja sebagai pegawai di kantor pemerintahan kabupaten Purworejo sebagai pembantu urusan kesekretariatan. Lima bulan kemudian, Sutoyo mengepalai urusan kesekretariatan dan kemudian dipindahkan menjadi Panitera Bupati.
Kemahiran Sutoyo dalam bidang administrasi dan kesekretariatan membuat Jepang memberi kesempatan kepada Sutoyo mengikuti program pendidikan di Kenkoku Gakuin atau Balai Pendidikan Tinggi di Jakarta.
Setelah menamatkan pendidikannya ini, Sutoyo diangkat menjadi pegawai menengah dan kembali bertugas di Kabupaten Purworejo. Dengan ketekunan dan kedisiplinan dalam bekerja, Sutoyo dipercaya memegang jabatan Santo Syoki. Jabatan ini menjadi jabatannya yang terakhir, karena Sutoyo mengundurkan diri dengan hormat pada 31 Maret 1944.
Setelah Proklamasi Kemerdekaan 17 Agustus 1945, Sutoyo tertarik dalam dunia keprajuritan dengan masuk menjadi anggota Badan Keamanan Rakyat (BKR) di Purworejo. Pada saat BKR berubah menjadi Tentara Keamanan Rakyat (TKR), Sutoyo ikut menjadi bagian dari TKR dan memilih sebagai Polisi Tentara dengan pangkat Letnan Dua (Piring, 8 September 2021). Pada bulan Januari 1946, pangkatnya dinaikan menjadi Letnan Satu dan ditunjuk sebagai ajudan Komandan Divisi V yaitu Kolonel Gatot Subroto.
Selama menjadi ajudan Kolonel Gatot Subroto, Sutoyo banyak belajar dan meneladani sikap komandannya yang suka membela kaum lemah dan toleran terhadap anak buah. Pada tahun 1947, Sutoyo yang sudah berpangkat kapten ditugaskan memegang jabatan sebagai Kepala Bagian Organisasi Polisi Tentara Resimen 2 Purworejo hingga bulan Mei 1948.
Selanjutnya, Sutoyo dipercaya memegang amanat sebagai Kepala Staf Corps Polisi Militer di Yogyakarta yang hanya dijabatnya selama satu bulan. Sutoyo kemudian memangku jabatan sebagai Komandan CPM Datasemen 3 di Surakarta.
Menjelang pemberontakan PKI di Madiun 18 September 1948, kondisi politik dan keamanan di Surakarta sangat kacau, sehingga sering disebut sebagai daerah wild west.
Penculikan dan pembunuhan antara kelompok-kelompok politik terutama yang berhaluan kiri merebak di Surakarta, seperti pembunuhan Kolonel Sutarto, peristiwa Srambatan dan Tasikmadu, penculikan Dr Muwardi, serta konflik antara Pesindo dengan Barisan Banteng. Sutoyo ikut berperan dalam mengamankan kota Surakarta dan terlibat pula dalam menumpas pemberontakan Komunis di Madiun.
Pada saat terjadi agresi militer Belanda II tanggal 19 Desember 1948, Sutoyo meninggalkan kota Surakarta untuk melakukan perjuangan gerilya. Pada tanggal 1 Maret 1949 terjadi Serangan Umum 1 Maret 1949 di Yogyakarta yang membuat Amerika Serikat dan Dewan Keamanan PBB mendesak Belanda agar melakukan perundingan dengan Indonesia.
Pada tanggal 7 Mei 1949, diselenggarakan perundingan Roem Royen yang salah satu keputusannya adalah mengembalikan ibu kota Yogyakarta dan membebaskan para pemimpin Indonesia yang ditawan di Sumatera.
Setelah Yogyakarta dikembalikan kepada Republik pada 29 Juni 1949, secara resmi perjuangan gerilya berakhir. Setelah peristiwa “Yogya Kembali”, Sutoyo ditugaskan menjadi Kepala Staf Batalyon CPM di Yogyakarta.
Setelah revolusi kemerdekaan berakhir dengan penyelenggaraan Konferensi Meja Bundar tanggal 27 Desember 1949, karier Sutoyo Siswomiharjo semakin menanjak. Pada tanggal 17 Agustus 1950, saat ibu kota sudah pindah ke Jakarta, Sutoyo menjabat sebagai komandan Batalyon 1 CPM dengan pangkat Mayor.
Pada tahun 1955, Sutoyo diberi tugas di Staf Umum Angkatan Darat dengan pangkat Letnan Kolonel. Setahun kemudian Sutoyo harus meninggalkan Indonesia untuk mengemban tugas sebagai atase militer di Kedutaan Indonesia di London, Inggris.
Setelah tiga tahun menjabat sebagai atase militer, pada tahun 1959 Sutoyo kembali ke tanah air dan segera mengikuti pendidikan kursus C di Sekolah Staf dan Komando Angkatan Darat di Bandung yang diselesaikannya dalam 1 tahun. Pada tahun 1961, Sutoyo yang sudah berpangkat kolonel diserahi jabatan sebagai sebagai inspektur kehakiman/Oditur Jenderal Angkatan Darat (Irkeh/Ojen AD) dan menjabat pula sebagai Direktur Akademi Militer/Perguruan Tinggi Hukum Militer (DAM/PTHM).
Pada tahun 1963, AH Nasution yang menjabat Menko Hankam/Kasab meminta Sutoyo agar membantunya menjalankan Operasi Budhi. Operasi ini berupaya memberantas korupsi di tubuh militer, perusahaan-perusahaan negara dan lembaga-lembaga negara.
Operasi ini berupaya untuk memastikan kasus-kasus korupsi dapat diteruskan di meja pengadilan. Walaupun berhasil menyelamatkan uang negara sebesar 11 miliar, suatu angka yang besar pada saat itu. Tetapi operasi ini dibubarkan karena dianggap mengganggu prestise Presiden Soekarno.
Menurut Sundhaussen (1986) operasi Budhi semula merupakan upaya Alex Kawilarang dalam mendisiplinkan Divisi Siliwangi yang beberapa anggotanya dicurigai melakukan korupsi. Pada akhirnya, operasi Budhi digunakan oleh Nasution dan Kawilarang untuk menangkis dan membendung serangan-serangan PKI. Dalam menjalankan operasi Budhi, Sutoyo sering melakukan rapat-rapat di rumahnya.
Dengan keberhasilan operasi Budhi, pangkat Sutoyo dinaikan menjadi Brigadir Jenderal pada tahun 1964. Sutoyo yang aktif dalam Operasi Budhi menimbulkan tuduhan terlibat dalam “Dewan Jenderal” yang tidak pernah bisa dibuktikan oleh PKI. Ketegangan PKI dengan para perwira tinggi Angkatan Darat semakin besar ketika para perwira AD termasuk Sutoyo menolak dengan tegas pembentukan angkatan ke V yang mempersenjatai buruh dan tani.
Penolakan ini membuat Sotoyo masuk target PKI dalam G30S pada 1 Oktober 1965 dini hari. Ia kemudian diculik dan dibunuh PKI. Pada 4 Oktober 1965, sumur tua tempat dibuangnya mayat Brigjen Sutoyo beserta para perwira tinggi Angkatan Darat lainnya ditemukan. Berdasarkan hasil visum, dalam tubuh Brigjen Sutoyo ditemukan dua luka tembak di tungkai, satu luka tembak di kepala, dan satu luka tembak di betis. Ditemukan juga kekerasan dengan benda tumpul di tengkorak kepala dan tangan kanan.
Atas pengorbanan dan jasa-jasanya, pada 5 Oktober 1965, Sutoyo diberikan kenaikan pangkat Anumerta menjadi Mayor Jenderal. Melalui Surat Keputusan Presiden/Panglima Tertinggi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia/Komando Operasi Tertinggi No 111/KOTI/1965, Sutoyo juga dianugerahi gelar Pahlawan Revolusi.